唐玄宗先天二年(公元七一三年)七月八日，惠能在宝林寺突然对门徒说： “我要返新州(新兴)，你们快点准备船只。”众门徒苦请留下，惠能说： “诸佛出现，犹示涅槃，有来必去，理亦常然，我这形骸， 归必有所。”又说“落叶归根，来时无口。”遂乘舟经肇庆回新兴，在肇庆驻锡城西梅庵，“六祖插梅为标” (事载《高要县志》)、庵前有井泉，现仍名“六祖井。”
回到新兴之后，先天二年(公元七一三年)八月初三日， 于国恩寺斋罢，召集门徒传法告别，端坐至三更，对门徒说：“我去了!”示寂后肉身不见了， 门徒四出找寻，发现端坐在国恩寺 南五里，寺田村左侧藏佛坑岩洞中的巨石上(这岩，群众叫化身岩， 《新兴县志》有记载，岩洞现在藏佛坑中)。是年十一月，广州、韶州、新州三处地方的官员、门人、僧俗、相争要迎接惠能的肉身，没法解决，于是共同协商，在三坪村前的香灯岗(现集成温泉西侧)，焚香祷告说：“香烟飘向那方，大师肉身就送往那里”， 当时的香烟直指向曹溪的方向，于是十一月十三日迁移惠能的神龛往曹溪。新州僧俗哀痛不已，惠能的门徒塑像能手方辩遂塑惠能像供在国恩寺，栩栩如生，地方人称为“真身六祖”。惠能撰有《法宝坛经》、《金刚槃若经口诀正义》等著述。
惠能二十四岁去黄梅学佛，三十九岁在广州祝发，七十六岁回新州国恩寺圆寂。 圆寂后不传衣钵。有嗣法弟子四十三人。唐德宗以惠能的四十三名大弟子中的神会(湖北襄阳县人)，在平安禄山之乱时，曾设戒坛度僧，收香油钱资助军费，平乱有功，集诸禅师，敕立神会为禅宗第七代祖。
