2009年9月开始，南普陀寺通过系列的宣传劝导工作着手文明敬香改革，提倡鲜花礼佛，坚持一人只烧一支香，将敬香场地移至天王殿门口广场处，天王殿内的殿堂及寺院场所不设信众敬香供香的香案香炉。如今到南普陀敬香的信众日均一万多人，但寺院内已看不到烟雾缭绕的场景了，寺院环境清新整洁。
2011年1月27日，国家旅游局副局长杜江在省、市旅游局长陪同下到南普陀寺考察调研文明敬香工作，杜江充分肯定了南普陀寺在国内首创推行文明敬香取得的成效，认为南普陀寺文明烧香在全国佛教寺院树立了典范，做法值得全国其他佛教寺院学习。
2011年2月3日，农历大年初一，厦门市委常委政法委书记陈炳发、市委常委副市长詹沧洲在市民宗局局长曾文瑛等人的陪同下，到南普陀寺视察。对文明烧香的做法走在全国的前面，给予充分肯定和赞扬，希望能够再接再厉，更好的总结经验，贯彻到全市各寺院。此举得到福建省委孙春兰书记和厦门市委于伟国书记的亲自批示和高度的肯定，认为主持观念新，要求将这种做法在一定范围内推广。
